Im Knabenchor der Jenaer Philharmonie singen Knaben und junge Männerstimmen gemeinsam, er ist daher ein gemischtstimmiger Knabenchor. Die Kinder übernehmen dabei die Stimmgruppen Sopran und Alt, während die Jungs nach dem Stimmbruch (der sogenannten ‚Mutation‘) im Männerchor in Tenor und Bass aufgeteilt sind.
Der Chor wurde 1976 auf die Initiative des damaligen Chefdirigenten Günter Blumhagen und seiner Frau Helga Blumhagen gegründet. Ziel war es Nachwuchsstimmen für die Philharmonischen Chöre auszubilden, außerdem wurden zur Spielzeit 1977/78 Knabenstimmen für die Aufführung von Carl Orffs Carmina Burana gebraucht.
Seit seiner Gründung haben viele Generationen an Sängern den Chor belebt und ihm (s)eine Stimme geliehen. Einige ehemalige Chorknaben sind heute beruflich sängerisch aktiv. Auch Ensembles wie die Octavians haben sich aus dem Chor heraus gegründet. Aktuell singen rund 70 Jungen und junge Männer im Alter zwischen 7 und 30 Jahren im Knabenchor.